Проект по строительству горно-обогатительного комбината вызвал протесты среди челябинцев. Так как ГОК будет расположен в относительной близости от областного центра-миллионника, протесты у населения были вызваны в частности вопросами касающихся последствий горно-взрывных работ, вопросами загрязнения источника питьевого водоснабжения города, атмосферного воздуха и влияния в целом на экосистему. По мнению критиков проекта, комбинат ухудшит экологическую ситуацию в городе Челябинске, которая и без того одна из худших в стране. В 2014 году было создано протестное движение «Стоп ГОК». В конце 2015 года в приемную Президента Российской Федерации было направлено более 108 тыс. подписей челябинцев, возмущенных проектом строительства ГОКа. В результате, вопросы связанные с протестным движением и строительством ГОК в 2016—2017 годах рассматривались на федеральном уровне, в частности президентом России В. В. Путиным, Советом безопасности, Советом по правам человека.
Впоследствии «РМК» согласилась не использовать в технологическом цикле серную кислоту. Был разработан проект в котором в качестве хвостохранилища комбината будет использоваться Коркинский угольный разрез, тем самым заодно решится проблема эндогенных пожаров остаточных пластов каменного угля и рекультивации разреза. Государственный контроль за деятельностью «РМК» касательного Томинского ГОК осуществляют также Минприроды России, Росприроднадзор, Минэнергетики России.
Сторонники строительства указывают на то, что, по их мнению, запуск аналогичного комбината (Михеевский ГОК) не вызвал ухудшения экологической ситуации в регионе. По оценке специалистов Южно-Уральского государственного университета, комбинат не окажет негативного влияния на Шершнёвское водохранилище. В «РМК» в свою очередь заявляют, что состояние атмосферного воздуха вокруг комбината будет находиться под постоянным контролем. С другой стороны критики указывают на прорыв дамбы на Михеевском ГОК в 2013 году, который вызвал наводнение в Варненском районе Челябинской области. А также указывают на экологические проблемы других объектов «РМК», в частности в Карабаше.
Решение о строительстве Томинского ГОК принималось при губернаторе М. В. Юревиче, а строительство начато при Б. А. Дубровском, что в частности на фоне протестов против строительства оказало и влияние на его рейтинг среди населения. Вопросы экологии при строительстве и функционировании комбината рассматриваются и исполняющим обязанности губернатора области Алексеем Текслером.